Badan Pengurus Daerah (BPD) Aikido DI Yogyakarta didirikan berdasarkan hasil kesepakatan dojo-dojo yang ada di Yogyakarta untuk lebih mendukung kegiatan dan perkembangan Aikido di Daerah Istimewa Yogyakarta. Badan Pengurus Daerah DI Yogyakarta merupakan wakil resmi dari Yayasan Indonesia Aikikai yang memiliki wewenang dan tanggung jawab atas organisasi dan kegiatan aikido yang bernaung di bawah Yayasan Indonesia Aikikai untuk wilayah Daerah Istimewa Yogyakarta. Pengurus BPD Aikido DI Yogyakarta diusulkan dan dipilih oleh para wakil dari dojo-dojo. Pemilihan I dilakukan di Kaliurang pada tanggal 1 November 1999. BPD Yogyakarta diresmikan pada tanggal 14 Desember 1999.
Jajaran Pengurus BPD Aikido Yogyakarta:
Periode 2007-2010
Ketua Umum Daerah: Iwan Rossanda, ST
Sekretaris Daerah: Laurensia IP
Wk. Sekretaris Daerah: Natalia Indu Maya
Bendahara Umum Daerah: Eduard Rusdianto, ST , MT
Wk. Bendahara Umum Daerah: Enggar Wuri Handayani, SH
Ketua Dewan Guru Daerah: Eduard Rusdianto, ST, MT
Divisi Humas & Promosi: Novianto, SH
Divisi Properti: Julius Deny Prabowo, ST
Divisi LitBang: Chrismanto, ST
Periode 2004-2007
Ketua Umum Daerah: Winny Setyonugroho, S. Kes., MT
Sekretaris Daerah: Winasis Jatmiko, ST (2004-2006)
Wk. Sekretaris Daerah: Hatma Suryo Haryo (2004)
Pj. Sekretaris Daerah I: Leonardus Bayu AP (2006-2007)
Pj. Sekretaris Daerah II: Laurensia IP (2006-2007)
Bendahara Umum Daerah: Eduard Rusdianto, ST , MT
Ketua Dewan Guru Daerah: Eduard Rusdianto, ST, MT
Periode 2002-2004
Ketua Umum Daerah: Nanang
Pj. Sekretaris Daerah: Iwan Rossanda, ST
Pj. Bendahara Umum Daerah: Eduard Rusdianto, ST
Ketua Dewan Guru Daerah : -
Periode 1999-2002
Ketua Umum Daerah: Bharata Satria, SE
Sekretaris Daerah: Iwan Rossanda, ST
Bendahara Umum Daerah: Jajah Fachiroh, SP, M.Si (1999-2000)
Pj. Bendahara Umum Daerah: Eduard Rusdianto, ST (2000-2002)
Ketua Dewan Guru Daerah: L. Lesmana, DEA
Divisi Humas: M. Teguh Juwono
